Forschungsinfrastruktur
Forschungszentren und -geräte
Zentren
Interdisziplinäre Forschungszentren fördern die Kooperation über Fachgrenzen hinaus und beschleunigen die Umsetzung von Erkenntnissen der Grundlagenforschung in neue Behandlungskonzepte und -methoden.
Mit dem Translational Research Center (Forschungsbericht TRC) wurde 2014 an der Medizinischen Fakultät der FAU ein neues Forschungszentrum mit beispielhafter Konzeption und Infrastruktur in Betrieb genommen. Im Rahmen einer interdisziplinären Zusammenarbeit von Medizinern und Naturwissenschaftlern werden dort neue Ansätze für eine verbesserte Diagnostik und Therapie von Erkrankungen entwickelt. Im Mittelpunkt stehen dabei verschiedene Aspekte der Entzündungs-, Tumor-, Nieren-, Herz- und Kreislaufforschung. Die Konzeption für das TRC wurde 2007 und im Rahmen einer kompetitiven Ausschreibung für innovative Forschungszentren nach Art. 91 b Abs. 1 Nr. 33 GG entwickelt und nach positiver Evaluation durch den Wissenschaftsrat realisiert. Die Planung des TRC ist auf eine hocheffiziente und flexible Raumnutzung ausgelegt. Die Labormodule haben einen einheitlichen Grundriss. Alle Laborbereiche verfügen in einer zentralen Mittelzone über Multiusergerätebereiche, um eine effiziente Ausnutzung von Geräten und Messinstrumenten zu ermöglichen. Mehrere Core Units ergänzen die Infrastruktur, in dem sie zusätzliche Funktionalitäten vorhalten. Dazu gehört ein zentraler Isotopenbereich, in dem unter anderem Markierungsstoffe für neue Bildgebungsmethoden entwickelt werden, eine Biobank zur professionellen Lagerung, Aufbereitung und Analyse von Blut und Harnproben von Patienten und eine Einheit zum Immunmonitoring von Patienten mit Hilfe von hochmoderner Zellanalytik. Die Forschungsbereiche sind in einer sehr offenen Struktur miteinander verbunden, um einen interaktiven Austausch zu fördern. Dazu wurde außerdem ein zentraler Personalaufenthalts- und Kommunikationsbereich für alle Mitarbeiter geschaffen.
Core units
Core units sind zentralisierte, methodische Plattformen, die einem breiten Nutzerkreis den Zugang zu entsprechenden Methoden und Technologien ermöglicht. Die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter der Core Units stehen den Forscherinnen und Forschern als kompetente Ansprechpersonen beratend zur Verfügung.
Laborleiter: Dr. Arif Ekici
Mission
Die Core Unit Next Generation Sequencing (NGS-CU) wird von der Medizinischen Fakultät getragen und vom Humangenetischen Institut betrieben. Ziel der Core Unit (CU) ist es, eine kosten- und zeiteffiziente Nutzung von Spitzentechnologie für Genomanalysen zur Verfügung zu stellen und dies auch mit Beratung bei der Projektplanung und der anschließenden Datenanalyse zu gewährleisten.
Angebot
Wir bieten Analysen mittels NGS für Projekte aus dem UKER, den Instituten und Departments der FAU, aber auch für externe Forschungs-Kooperationspartner. Das Leistungsspektrum umfasst dabei auch die Beratung bei der Projektplanung und die anschließende (primäre) Datenanalyse. Die Methoden umfassen eine große Bandbreite verschiedener genomweite Analysen: whole transcriptome-, whole methylome-, ChIP- und ATAC-sequencing. Neu hinzugekommen ist die Möglichkeit der Transkriptom-Analyse auf Einzelzellebene, die wir auf der Chromium-Plattform der Firma 10xGenomics durchführen (single cell-RNASeq).
Was machen wir genau?
Unser Beitrag an den Projekten umfasst dabei die Qualitätskontrolle nach Übernahme des zu analysierenden Materials, je nach Fragestellung verschiedene Anreicherungs- bzw. Abreicherungsmethoden, Präparation der Sequenzierbibliotheken und die Sequenzierung dieser Bibliotheken. Die Daten-Auswertung führen wir in enger Absprache mit dem Nutzer/den Kooperationspartnern durch. Für die NGS-Methoden können wir auf die Plattform der Firma Illumina (HiSeq-2500) zurückgreifen. Wir verfügen über umfangreiche Erfahrung in der Durchführung und der bioinformatischen Auswertung solcher Experimente und haben hierzu robuste und zuverlässige Verfahren entwickelt und angewandt.
Für die uns überlassenen Total-RNA-Proben führen eine Qualitätskontrolle (Agilent BioAnalyzer) durch und melden uns bei Ihnen mit QC-Ergebnissen. Bei ausreichender Qualität erstellen wir die Sequenzier-Bibliotheken und führen die Sequenzierung durch. Die bioinformatische Datenanalyse führen wir in enger Abstimmung mit Ihnen durch und stehen für Ihre Wünsche bei der graphischen Darstellung der Ergebnisse zu Verfügung.
- Die RNA-Proben sollten Total-RNA sein, daran lässt sich die Qualität am besten ermitteln. Wir brauchen Informationen, wie Volumen, Menge, Konzentration und sonstige QC-Daten, soweit vorhanden.
- Alle RNA sollten sicher und gut DNAse-verdaut sein. Bitte die Methode auflisten.
- Bei allen Proben sollten Sie uns Angaben, wie Spezies, Gewebe, bei Zellkultur auch Zelltyp, nennen, bei sortierten Zellen die Anzahl der Zellen.
- Sind Transkripte aus einem Fremdorganismus zu erwarten, z. B. infolge Transfektion?
- Alle Proben sollten sowohl in den mitgelieferten Daten als auch auf den Tubes gleichlautend und so kurz wie möglich benannt werden.
- Gibt es eine bevorzugte Referenz oder ein bevorzugtes Genmodell? Wir verwenden standardmäßig: hg19/38, mm38, Rnor5/6 und das aktuelle Ensembl-Genmodell.
- Welche paarweisen oder geblockten Vergleiche der Proben sind sinnvoll? Definition von Probengruppen für die Datenanalyse!
- Sind Gene mit differentieller Expression als Positivkontrollen bekannt (z. B. per qPCR getestet)?
- Wird eine sehr hohe oder eine sehr niedrige Anzahl exprimierter Gene vermutet?
- Sind Batch-Effekte bekannt? Wenn ja: welche Proben gehören in welche Batches?
- Sample-ID (wie auf den Eppis)
- Volumen
- Konzentration
- Extraktionsart (Kit)
Alle nötigen Daten der Proben benötigen wir tabellarisch in elektronischer Form und stellen dafür eine Vorlage zu Verfügung.
- Bulk-RNA-Seq für Expressionsanalyse: 500 Euro (30 Mio. 100bp single-end Reads/Sample)
- Single cell-RNA-Seq für Expressionsanalyse: 2.240 Euro (auf der Basis von 5.000 Zellen und 5.000-20.000 Reads/Zelle je nach Zelltyp)
- Methyl-Seq (nach Anreicherung durch Nutzer): 600 Euro
- ChIP-Seq/ATAC-Seq (nach Anreicherung durch Nutzer): 350 Euro
Die Preise gelten nur für Projekte aus dem Universitätsklinikum oder FAU, da es sich um einen durch die Fakultät subventionierten Service handelt.
Diese Kosten decken sämtliche Sachkosten für die Experimente und die anteiligen Kosten für projekt-bezogene Personalkosten, und beinhalten die Aufbereitung und Bereitstellung der Daten in geeigneter Form für die eigene weitergehende Datenanalyse. Dieser Service bedingt keine formelle Kooperation, ein „Acknowledgement“ wäre angebracht. Darüber hinausgehende detaillierte bioinformatische Datenanalysen auf Kooperationsbasis sind natürlich möglich und werden in der Regel auch gerne in Anspruch genommen.
Die Abrechnung erfolgt über interne Leistungsverrechnung. Wir schicken Ihnen ein entsprechendes Formular zu, indem die Probenzahl vermerkt ist. Sie schicken uns dann dieses Formular, um die Kostenstelle ergänzt und unterschrieben, wieder zurück. Bei Projekten aus der Universität stellen wir stattdessen eine Rechnung aus.
Bei Projekten außerhalb Erlangens gelten andere Preise, und es muss auch die MwSt. berechnet und abgeführt werden.
Weitere Informationen
Arif Bülent Ekici
Das Präklinische Experimentelle Tierzentrum (PETZ; Forschungsbericht PETZ) der Medizinischen Fakultät ist eine Einrichtung des Franz-Penzoldt-Zentrums (FPZ), die der Durchführung von grundlagenorientierter und präklinischer Forschung an Tiermodellen dient. Es steht primär allen Nutzern aus der Medizinischen Fakultät offen, bietet aber auch Forschergruppen und -verbünden aus Universität und Industrie eine moderne Tierhaltung mit direkt angeschlossenen Experimentalräumen. Das Zentrum ist eine wissenschaftsorientierte Tierversuchseinrichtung, die für ihre Nutzer eine moderne Infrastruktur und spezifisch-pathogen-freie (SPF) Bedingungen für tierexperimentell-präklinisches Arbeiten bereithält. Es werden unterschiedliche forschungsnahe Dienstleistungen angeboten, wie z. B. der Import von transgenen Mausstämmen mittels Embryotransfer sowie die tierärztliche Begleitung chirurgischer oder toxikologischer Studien an Groß- und Kleintieren. Das PETZ ermöglicht mit seiner Infrastruktur eine effektive und optimierte Durchführung des tierexperimentellen Arbeitens von der grundlagenorientierten bis hin zur kliniknahen Forschung. Es ist somit ein vielseitiger und professioneller Partner in allen Bereichen auf dem Weg von der Idee bis zur Entwicklung von Therapien zum Wohl von Patienten in einem kontrollierten, standardisierten und tiergerechten Umfeld. Weitere Informationen und Kontakt PETZ
Geräteplattformen
Neben den Core Units ermöglichen auch Geräteplattformen den Zugang zu kostenintensiven modernen Methoden und Technologien und fördern die wissenschaftliche Weiterentwicklung.
